Si applicano per l'acquario marino le stesse norme indicate per l'acquario tropicale d'acqua dolce. Anche i materiali riguardanti l'allestimento marino sono molto simili a quelle per l'acquario d'acqua dolce, ma bisogna fare attenzione ai diversi aspetti del funzionamento.

La dimensione dell'acquario marino è più problematica di quella della vasca d'acqua dolce. I pesci d'acqua dolce sono in grado di tollerare il mutamento delle condizioni nelle loro acque originarie causato dall'alternarsi delle stagioni asciutte e piovose. I pesci marini non hanno bisogno di tale adattabilità, perché il mare è probabilmente l'ambiente più stabile del nostro pianeta. Quindi per ridurre al minimo gli effetti di qualsiasi cambiamento nell'acqua dell'acquario marino, si consiglia di usare una vasca la più grande possibile, tenendo sempre presente la necessità di disporre di una grande area di superficie dell'acqua. La vasca più piccola deve avere almeno una capienza di circa 100 litri d'acqua o, secondo un altro punto di vista, deve avere almeno la dimensione di 91x30x38 cm. Bisogna fare molta attenzione ai materiali della vasca, nessuna parte metallica deve venire a contatto con l'acqua dell'acquario, sia perché l'acqua salata è altamente corrosiva, sia perché ogni metallo che viene sciolto è probabilmente molto tossico per i pesci. Sebbene si possa usare acqua marina naturale, è molto meglio che l'acquariofilo usi una delle molte marche brevettate di miscele  per acqua salata. Le miscele di sali artificiali sono tutte affidabili, purché si seguano esattamente le istruzioni dei produttori, è importante che venga usata l'intera quantità della miscela di sali per assicurare la corretta distribuzione degli oligoelementi. Si devono preparare le miscele in contenitori  non metallici (secchi o bidoni o vasche di plastica) che si devono usare anche per conservare l'acqua salata, fortemente aerata , prima di versarla nell'acquario. Bisogna provarne il peso specifico (alla temperatura alla quale si deve usare l'acqua) e regolarlo in conformità, aggiungendo acqua dolce per abbassarlo o più sale per aumentarlo, il che avviene anche lasciando naturalmente evaporare l'acqua in eccesso.

Possiamo allevare pesci marini secondo due metodi opposti: il sistema naturale e il sistema clinico artificiale. Il sistema naturale fa affidamento su animali-filtro come coralli e spugne vivi e densi gruppi di alghe per purificare l'acqua; non sono compresi mezzi artificiali e la base di ghiaia, se presente, deve essere assai bassa. Su tutte le superfici delle rocce e delle pareti della vasca sono in questo caso presenti batteri nitrificanti. Il sistema clinico artificiale, impegna ogni mezzo noto, meccanico e chimico, per ottenere la massima igiene:  filtri potenti che non lasciano depositare niente nelle vasca; sterilizzazione con raggi ultravioletti e con ozono; imbianchimento (per ossigenazione) di ogni elemento contenuto nell'acquario, come coralli e rocce, prima d'impiegarlo; inoltre la vasca deve contenere pochissima ghiaia per evitare ogni inquinamento dovuto a resti di cibo. Questi metodi richiedono una profonda conoscenza dei processi biologici nel primo caso, e un'attrezzatura sofisticata nel secondo. Il sistema clinico artificiale inoltre comporta un gravoso onere finanziario. Fortunatamente si può trovare un compromesso tra i due sistemi, che non è né troppo tecnico né troppo costoso. Spesso chiamato sistema semi-naturale, dipende dal suo buon sito dal *filtro biologico sotto ghiaia ed è il sistema più usato dagli amatori degli acquari marini. Il filtro è la prima attrezzatura da mettere nella vasca quando la si allestisce, seguito da uno spesso strato di materiale (almeno 7-8 cm) sulla base; materiale costituito da tre strati selezionati: crostacei frantumati immediatamente sopra il filtro, poi sabbia di coralli frantumati e infine uno strato superficiale di sabbia silicea. Una volta sistemati gli elementi ornamentali con rocce o pezzi di corallo morto o di gorgonie a ventaglio, che prima di essere sistemati, vanno puliti a fondo, si può installare il sistema di riscaldamento, poi uno schiumatore di proteine in una parte della vasca dove non ingombri, ma si deve mettere in azione solo quando l'acquario è ben stabilizzato con la sua popolazione di pesci. Quando la vasca è piena si fanno funzionare i sistemi di riscaldamento, d'illuminazione e di filtrazione. Come si deve lasciare il tempo all'acquario d'acqua dolce per maturare, altrettanto si deve fare per l'acquario marino. Poiché non vi è alcun segno visibile che il processo di maturazione si sia completato, bisogna ricorrere a semplici prove scientifiche. Il pH deve rimanere stabile intorno a 8,3, secondo le istruzioni del produttore della miscela dei sali, ma la prova più importante riguarda i nitriti, che indicano la presenza di ammoniaca e di altri composti azotati tossici. Il livello dei nitriti è inizialmente alto ma gradatamente diminuisce man mano che matura lo strato basale che funge da filtro biologico. Durante il processo di maturazione dell'acquario non si deve usare lo schiumatoio di proteine. Una volta che i livelli dei nitriti sono diminuiti, l'acquario è pronto ad accogliere i suoi primi ospiti.