I pesci respirano come gli animali terrestri, ma devono utilizzare l'ossigeno contenuto nel mezzo in cui vivono, l'acqua, invece di prenderlo direttamente dall'atmosfera, come gas. Gli organi della respirazione dei pesci sono le branchie, protette sotto l'opercolo , formato dalle ossa opercolari e contenute in una camera branchiale. L'acqua entra dalla bocca e esce dall'opercolo dopo essere passata dalle branchie, sottili filamenti che hanno funzione simile a quella dei nostri polmoni. Sono infatti le esili membrane che ricoprono le branchie ad assorbire ossigeno entro una fitta rete di capillari sanguigni, e da questi a metterlo in circolo per tutto il corpo. Contemporaneamente all'assorbimento di ossigeno avviene l'espulsione dell'anidride carbonica dal sangue. Le branchie sono altamente efficienti: si è calcolato che possono estrarre circa 80% dell'ossigeno disciolto nell'acqua. Oltre che organi della respirazione, le branchie hanno un ruolo importante nel mantenere il giusto il giusto equilibrio salino. E' ovvio che l'acquario deve mantenere acqua ben ossigenata.