Si è detto che i pesci quando respirano utilizzano l'ossigeno disciolto nell'acqua; perciò quando si progetta un acquario la maggior preoccupazione deve essere quella di fornire ai pesci la necessaria quantità di ossigeno, facendo in modo che il prezioso gas entri nell'acqua. Ogni pesce esige un certo spazio in cui nuotare e svilupparsi; ma lo spazio è anche importante al fine di definire i vari territori individuali che i pesci stessi esigono e difendono. Questi due problemi essenziali, quello dell'ossigeno e quello dello spazio, trovano facilmente una soluzione nel semplice espediente di scegliere una vasca delle dimensioni e delle proporzioni corrette. E' importante capire nei particolari come avvengono gli scambi gassosi e quanto ossigeno è necessario. L'ossigeno entra nell'acqua dall'unica parte possibile: la superficie libera dell'acqua stessa, e ogni altro gas segue la stessa via. Perché entri nell'acqua la maggior quantità di ossigeno, l'area della superficie liquida deve essere quanto più ampia possibile. Tra due vasche di ugual volume si deve sempre scegliere quella che presenta, rispetto all'acqua la maggior superficie libera a contatto con l'aria. Infatti questa superficie a contatto con l'aria consente facilmente l'assorbimento dell'ossigeno, ma consente anche l'allontanamento dell'anidride carbonica emessa dai pesci nella respirazione (e dalle piante, che anch'esse respirano giorno e notte). L'anidride carbonica "esce" dall'acqua assai più lentamente dell'ossigeno, e proprio per questo motivo l'aerazione ha grande importanza. Contrariamente a quanto si crede, l'aerazione (con la sua vistosa colonna di bollicine d'aria ascendenti che si sciolgono immediatamente nell'acqua) non aumenta la quantità di ossigeno sciolto nell'acquario. L'ossigeno viene assorbito assai più rapidamente in superficie. Il vero scopo dell'aerazione è di creare una "turbolenza" in superficie, in modo da favorire la fuga dell'anidride carbonica dall'acqua. Le correnti ascendenti causate dall'aerazione fanno si che l'acqua sia continuamente rimescolata; in questo modo nell'acquario tropicale si eliminano le eventuali sacche di acqua fredda. L'effetto globale dell'aerazione è di aumentare il possibile numero dei pesci contenuti nella vasca, sebbene non ci si debba basare su questo concetto quando, inizialmente, si introducono i pesci nella vasca. Bisogna calcolare lo spazio per lo sviluppo dei pesci e fare in modo che, se per qualche motivo l'aerazione dovesse venire a mancare, i pesci non ne abbiano un danno repentino sino a rimanere asfissiati. Un altro fattore che contribuisce a ossigenare l'acquario è la presenza delle piante. Durante il periodo di illuminazione, le piante svolgono la fotosintesi, cioè utilizzano l'anidride carbonica e producono ossigeno, per fabbricarsi le sostanze di cui vivere. Ma tutte le piante respirano normalmente (sia al buio che illuminate) assorbendo ossigeno e emettendo anidride carbonica. E' dunque assolutamente vitale il rapporto tra le piante e gli animali per creare un microambiente in perfetto equilibrio.