articolo su: Filtri e filtrazione.

Poiché nell'acquario l'acqua è ferma, non può auto-depurarsi come avviene in natura. Tutto ciò che penetra nell'acqua influisce in qualche modo su di essa: il cibo non mangiato, le foglie delle piante in putrefazione, i pesci morti e i prodotti di rifiuto dei pesci. I regolari ma parziali cambiamenti dell'acqua aiutano a rinnovare l'acqua ma solo in parte, non completamente. Fortunatamente non è difficile ottenere un'interrotta filtrazione dell'acqua dell'acquario e ciò grazie a molti tipi di filtri efficienti di varia forma, dimensione e prezzo. Il compito principale di un filtro è di togliere dall'acqua i materiali estranei e dannosi; il che si ottiene con due metodi. Sia l'uno che l'altro, o entrambi assieme, si possono utilizzare in un medesimo acquario. I due metodi sono la filtrazione meccanica e la filtrazione biologica. 

Nel primo metodo l'acqua viene fatta passare attraverso un mezzo filtrante che trattiene il materiale sospeso nell'acqua, l'acqua pulita viene poi fatta ritornare nella massa d'acqua dell'acquario. Il mezzo filtrante è in genere ovatta di perlon o qualche altra sostanza sintetica soffice. Questi tipi di filtri si possono sistemare sia all'interno che all'esterno dell'acquario e possono funzionare sia mediante l'aria (proveniente da un compressore) sia mediante una piccola pompa idraulica azionata da corrente elettrica. Il filtro più semplice è il "filtro-spugna", in cui l'acqua viene fatta passare attraverso un blocco di gomma spugnosa montato su un tubo erogatore (che funziona da pompa idraulica, azionato ad aria compressa). Questo filtro ovviamente ha una limitata capacità di trattenere i rifiuti e non è adatto per grandi vasche. E' invece adatto per piccole vasche, come per allevare avannotti, non essendoci il pericolo che questi siano aspirati nel filtro. In tutti i sistemi si filtri azionati ad aria compressa la pompa dell'aria dev'essere posta sopra il livello dell'acqua dell'acquario per impedire che questo subisca qualche danno dal ritorno dell'acqua nel sifone, che potrebbe bloccare la pompa. Un sistema di filtrazione più progredito, che aumenta maggiormente la quantità d'acqua trattata, si ottiene motorizzando il filtro a scatola esterno. I filtri più potenti sono tutti cappottati e non hanno dispositivi a sifone per alimentare il filtro. Il materiale filtrante deve essere pulito o sostituito regolarmente. L'esatto valore di questa "regolarità" dipende dalla quantità e dal tipo di alimento somministrato, dalla dimensione della vasca e dall'efficienza del filtro. Un filtro molto sporco può indicare che è molto efficiente ma bisogna ricordare che tutta l'acqua dell'acquario circola di continuo attraverso questo accumulo si sporcizia con la conseguenza che dannose tossine possono essere riportate nell'acquario. Oltre all'ovatta di perlon o di altre resina sintetica inerte, si possono usare diversi materiali filtranti per altri importanti scopi. Il carbone attivo assorbe alcuni dei prodotti di rifiuto nell'acqua; la torba aumenta l'acidità dell'acqua, sempre vantaggiosa se i pesci cercano di deporre le uova ; ma si possono anche usare entro il sistema di filtrazione certe resine che tolgono durezza all'acqua.

Descriviamo il funzionamento di un filtro biologico sotto-ghiaia. La filtrazione biologica si vale dell'azione batterica per purificare l'acqua e utilizza la ghiaia dell'acquario come materiale filtrante, non come un mezzo che "intrappola", ma come sede abituale di colonie di batteri aerobici. L'acqua viene fatta circolare attraverso la ghiaia verso il basso o verso l'alto nei sistemi a flusso invertito, mediante un sistema di piastre o tubi sotto la ghiaia. Questo sistema è essenziale negli acquari marini, dove l'azione biologica tiene le pericolose sostanze azotate al livello minimo di sicurezza.