Tra i componenti dell'acquario, l'acqua è la più importante. L'acqua comunemente usata per gli acquari d'acqua dolce proviene dalle condutture dell'acqua potabile ed è di una "qualità" adatta più al consumo dell'uomo che al mantenimento dei pesci. La "qualità" dell'acqua potabile può variare secondo le differenti aree di raccolta. La gran parte dei pesci si adattano assai rapidamente, alla comune acqua potabile e solo se si tengono delle specie assai specializzate è necessario prendere in considerazione l'esame dettagliato della composizione dell'acqua. Vi sono due principali indici dell'acqua che sono: il pH e il DH o, in altre parole il grado di acidità o di alcalinità dell'acqua (pH); e il fatto che sia "dura" cioè calcarea; oppure o "molle" o "tenera" cioè non calcarea (DH). L'estensione del pH è calcolata lagaritmicamente da 0 (l'acidità più forte) a 14 (l'alcalinità più forte), con un punto neutro (né acido né alcalino) a 7. In un acquario d'acqua dolce l'acqua dev'essere compresa solo tra limitati valori di questa scala, approssimativamente da 6,5 a 7,5, mentre il pH dell'acquario d'acqua marina  è compreso all'incirca tra 7,8 e 8,5. In un acquario si trovano probabilmente pesci provenienti da acque di entrambi i tipi. La durezza è dovuta ai sali disciolti nell'acqua; alcuni si possono eliminare con la bollitura (durezza temporanea), altri no. Vi sono indicatori per determinare i fattori della durezza che possono riguardare la durezza "generale" o quella "specifica" prodotta dalla presenza di carbonato di calcio (CaCO3), o di ossido di calcio (CaO). Esistono varie unità di durezza: ppm (parti per milione), °DH (gradi tedeschi) o durezza (scala di Clark). Quando si esprime la durezza in ppm, è generalmente accettato che si riferisce alla durezza dovuta al carbonato di calcio, e non alla durezza "generale". Si può abbassare la durezza dell'acqua unendovi una data quantità di acqua più tenera, cioè acqua distillata o piovana; oppure, secondo un metodo più sofisticato, usando resine che rendono l'acqua meno calcarea. Si potrebbe pensare che la durezza costituisca un problema, ma non è così; vi sono infatti molti pesci tra cui le specie vivipare, e i Ciclidi dai colori sgargianti dei laghi africani. 

L'acqua per l'acquario "marino" si prepara facilmente con una delle molte miscele in commercio, ed è meglio usare acqua marina sintetica. Un fattore importante per chi abbia un acquario marino è il peso specifico (l'unità di densità comparabile) che indica la forza della miscela dell'acqua salata e può essere misurata con un densimetro. Il peso specifico dell'acqua di un acquario marino è in genere tra 1,020 e 1,025; le istruzioni impresse sulla confezione della miscela di sali sono sempre molto chiare. Una volta controllato il peso specifico, l'acquario marino non è ancora pronto per l'immediata immissione dei pesci: ora bisogna ricorrere a un altro rivelatore, questa volta per i nitriti, per scoprire se queste sostanze tossiche sono state trasformate nei più innocui nitrati; solo allora si potranno introdurre tranquillamente nell'acquario i pesci e gli altri organismi marini. 

Un modo semplice per tener l'acqua sana, con bassi livelli di prodotti di rifiuto e di sostanze tossiche sciolte nell'acqua, è di seguire regolarmente un programma di cambiamenti parziali dell'acqua, circa il venti per cento ogni due tre settimane per l'acquario d'acqua dolce, in proporzioni maggiori, e forse anche con cambi più frequenti, per l'acquario marino. E' importante che l'acqua di sostituzione immessa sia sempre della stessa qualità e alla medesima temperatura di quella che viene tolta. Nell'acquario marino la diminuzione dell'acqua per evaporazione deve essere integrata con acqua dolce, mai con acqua salata, perché con l'evaporazione i sali non vanno persi ma rimangono nell'acquario.